Harald Kautz warnt davor, dass Nattokinase das SARS-CoV-2-Spike-Protein nicht vollständig unschädlich macht, sondern es in kleinere Fragmente spaltet. Diese Fragmente können stark amyloidogen sein – das heißt, sie neigen dazu, fehlgefaltete Proteinaggregate und fibrilläre Ablagerungen zu bilden. Solche Ablagerungen können sich im Gehirn anreichern, Zellen schädigen und Entzündungs- sowie neurodegenerative Prozesse fördern. Kautz befürchtet, dass durch diesen Mechanismus die Anwendung von Nattokinase langfristig das Risiko für Alzheimer-ähnliche Proteinablagerungen erhöhen oder bestehende neurodegenerative Prozesse beschleunigen könnte. Er betont, dass durch Protease-vermittelte Fragmentbildung nicht nur die Menge an abgebautem Material relevant ist, sondern auch die Eigenschaften der entstehenden Fragmente (Amyloidogenität, Persistenz, Toxizität) – und genau hier liege das mögliche Gefährdungspotenzial.